세금계산서는 거래 사실을 확인해주는 가장 확실한 자료인만큼 보관을 잘 해야 한다. 세금계산서가 없으면 공급자는 공급가액의 1% 상당의 가산세를 내야 하고, 공급받는 자는 매입세액을 공제받을 수 없다.
그런데 만약 이렇게 중요한 세금계산서를 잃어버렸다면 어떻게 해야 할까? 매출 세금계산서를 분실한 경우에는 장부나 증빙서류를 보고 내용을 확인하고, 공급자용 세금계산서만 다시 작성해 보관하면 된다.
매입 세금계산서를 분실했다면 공급자에게 의뢰해 세금계산서 사본을 재교부 받아 보관하면 된다.
문제는 사본을 받을 수 없을 때다. 안타깝게도 공급자가 폐업했다든가 하는 이유로 사본을 교부 받지 못한다면 매입세액공제도 받을 수 없다. 일반적으로 물품의 공급자는 갑의 위치에 있는 경우가 많기 때문에 매입처에서 세금계산서를 발행해주지 않는 경우가 간혹 있다. 이때는 매입자발행세금계산서 제도를 활용하면 해결할 수 있다.
거래 시기 이후 3개월 이내에 거래사실확인신청서에 대금결제 등 거래사실 입증자료를 첨부해 관할 세무서장에게 거래사실 확인 신청을 하면 발급받을 수 있다.
이후 공급자와 공급자 관할 세무서장의 확인 절차 등을 거쳐 신청인에게 확인통지를 하게 되며, 통지를 받은 신청인은 매입자발행세금계산서를 발행해 공급자에게 교부하면 된다.