감사원은 감사결과를 발표하면서 ▲대학의 재정·회계 관리시스템 보강 ▲등록금 산정 관리·감독 체계 개선 ▲사립대 법인의 책임성·재정부담 의무 담보 ▲국·공립대의 급여 보조성 인건비 지급 관행 개선 등의 제도 개선 방안을 제시했다. 다만 정부나 국회 차원에서 이미 대학의 잘못된 관행을 고치기 위한 제도적 장치를 만들고 있는 상황인 탓에 다소 신선감은 덜하지만 법안 처리에 큰 보탬이 될 것으로 전망된다.
이에 대학들은 등록금 인상에 적지 않은 부담을 안게 됐다. 감사원이 최근 5년 동안 대학들에 대해 “지출은 실제보다 부풀리고 등록금을 제외한 다른 수입은 적게 계산했다”며 등록금 상승 요인을 콕 집었다. 대학들의 예산 주무르기를 비판한 동시에 예산 투명성과 등록금 인상 요인에 대한 보다 자세한 분석을 요구한 것이다.
교과부는 감사원이 지적한 대학의 문제점 가운데 상당부분을 차지하는 회계부정·횡령·금품수수 등 비리·비위 문제에 대한 제도적 개선에 적극 나설 방침이다. 관리·감독을 포함, 행·재정적 제재도 강화할 태세다. 교과부는 감사원이 적발한 대학과 교과부 자체의 비위와 관련, 감사원으로부터 정식 감사결과를 받은 뒤 경중을 따져 처분 수위를 검토하기로 했다.