주택을 양도할 때는 1세대 1주택 요건을 갖추면 양도소득세를 비과세 받을 수 있고, 토지는 농지 양도에 대해 일정 요건을 갖추면 양도소득세를 면제받을 수 있다. 그러나 상가 건물은 사업자가 양도하는 것이니만큼 이와는 다른 규정이 적용되므로 주의가 필요하다.
우선, 상가 양도를 위해 매매계약서를 작성할 때는 ‘상가건물에 대한 부가가치세를 매수자가 부담한다’는 사항을 반드시 명기해야 한다. 상가의 총 매매가액에는 상가건물의 매매가액과 상가건물의 매매가액에 대한 부가가치세, 상가의 부속토지의 매매가액이 포함되어 있다.
때문에 상가 매도자가 매수자로부터 상가건물의 부가가치세를 거래징수하여 납부하지 않으면, 상가건물의 총 매매가액에 부가가치세가 포함되어 있는 것으로 간주하기 때문에 그만큼 매수자의 소득이 줄어들게 된다.
다만, 상가를 과세사업자에게 ‘포괄적’으로 양도하는 경우에는 부가가치세를 내지 않아도 된다. ‘포괄적 양도’란 상가에 대한 미지급금과 미수금을 제외한 모든 권리와 의무를 매수자에게 포괄적으로 승계하는 것을 말한다.
한편, 상가 양도소득세를 아끼려면 상가를 보유하고 있을 때 감가상각비를 잘 처리해야 한다. 임대소득이나 사업소득 계산 시 상가건물에 대한 감가상각비를 비용으로 차감하여 소득금액을 계상 했었다면, 상가 양도 시 양도가액에 대응하는 취득가액은 감가상각비를 차감한 금액으로 취득가액을 계산하게 된다. 그만큼 상가의 양도차익이 커지게 되어 양도소득세의 부담이 늘어나는 것이다.
때문에 상가를 단기간 보유한 후 양도할 때는 감가상각비를 계상하여 종합소득금액을 계산하는 것이 유리한지 양도차익을 줄이는 것이 유리한지 잘 검토해보아야 한다.