2003년 당시 야당이었던 한나라당은 고위공직자에 대한 강력한 검증을 주장하며 감사원장을 비롯해 대법원장, 국무총리, 헌법재판소장, 대법관, 헌법재판소 재판관, 중앙선거관리위원 등에 대한 청문회 도입을 주장했고 결국 관철시켰다.

이에 따라 감사원장 후보자에 대한 인사청문회는 2003년 9월 처음 실시됐다. 당시 노무현 대통령은 전임 이종남 감사원장 후임으로 윤성식 교수(고려대 행정학과)를 지명했으나 야당인 한나라당과 자민련 그리고 민주당은 인사청문회를 거친 뒤 윤 후보자 임명동의안을 부결시켰다. 윤 후보자가 노무현 대통령 당선자의 대통령직 인수위원회에 참여한 인사이기 때문에 감사원 ‘독립성’이 담보되지 않는다는 이유에서였다.

한편 인사청문회를 통한 노무현 정부 또 다른 낙마 인사로 전효숙 전 헌법재판소 재판관이 있었다. 전 전 재판관은 헌법재판소장 후보자로 지명됐으나 그에 따라 정국이 급격히 냉각되는 등 전 후보자의 임명동의안 처리가 불가능하다고 판단해 노 전 대통령은 그에 대한 지명을 철회했다. 전 후보자는 지난 2006년 8월16일 후보자로 지명된 이래 103일만에 지명이 철회됨으로써 헌정사상 첫 여성 헌재소장 탄생은 불발됐다.